Kondoři se svým vznikem začali pracovat také s mládeží. Na tuto myšlenku navazují také „noví“ Kondoři, kdy je třeba říct, že práce s mládeží není ani finančně ani personálně poznamenána prodejem původního mužského klubu do Brna.
V současnosti působí v šesti kategoriích na sto dětí, které jsou vedeny zkušenými trenéry. U několika družstev působí také hráči mužského A-týmu a předávají tak své praktické zkušenosti mladíkům již od útlého věku.
Pro sezónu 2009/10 se povedlo kadetům U16 vybojovat extraligu, tudíž do Liberce bude jezdit mládežnická republiková elita a kondoří mladíci se budou konfrontovat s absolutní špičkou. V mladších kategoriích je kladen důraz na komplexní pohybovou průpravu a základní dovednosti. Od kategorie U14 jsou pak tréninky zaměřeny na zdokonalování individuálních činností a také na různé herní týmové prvky.
Nyní tak v Liberci fungují dva subjekty s názvem Basketbalový klub Kondoři Liberec. Rozdíl mezi nimi je v právní formě (s.r.o. a o.s.), ovšem oba kluby velmi úzce spolupracují a jsou provázané také personálně. Společně tak vytváří na republikové úrovni velmi silný klub se širokou mládežnickou základnou, jejíž členové mají k čemu vzhlížet a kam směřovat.